單細(xì)胞RNA測序與大顆粒淋巴細(xì)胞白血病T細(xì)胞的TCR分析相結(jié)合

發(fā)布時間：2022-05-31 10:26:59作者：輝駿生物-fitgene

T 細(xì)胞大顆粒淋巴細(xì)胞白血病 (T-LGLL) 是一種淋巴組織增生性疾病，通常表現(xiàn)為血細(xì)胞減少，通常以終末分化效應(yīng)記憶細(xì)胞毒性 T 淋巴細(xì)胞 (CTL) 的克隆擴(kuò)增為特征。T-LGLL可用多種免疫抑制藥物（主要是環(huán)孢素）和甲氨蝶呤等淋巴毒藥物治療；JAK-STAT 信號的抑制似乎在試點(diǎn)試驗(yàn)中也有效。雖然針對 T-LGLL 細(xì)胞群的治療是有效的，但在某些情況下，反應(yīng)和缺乏反應(yīng)的基礎(chǔ)尚不清楚。特別是在沒有根除 CTL 克隆的情況下，可能會出現(xiàn)血細(xì)胞計數(shù)的改善。

單細(xì)胞 T 細(xì)胞受體 (TCR) 測序與 RNA 測序相結(jié)合，能夠以單細(xì)胞分辨率對配對的 TCRα 和 TCRβ 鏈進(jìn)行高通量分析，以及在同一細(xì)胞中耦合全局基因表達(dá)，從而獲得表征的能力穩(wěn)態(tài)和疾病中的 T 細(xì)胞克隆擴(kuò)增，并在疾病和治療期間跟蹤同一克隆的轉(zhuǎn)錄組變化。使用單細(xì)胞 RNA 測序 (scRNA-seq) 分析的研究有助于識別腫瘤中的免疫細(xì)胞亞群、檢查點(diǎn)抑制劑治療和自身免疫性疾病，但此類研究尚未使用 T-LGLL 進(jìn)行。

近日，美國國立衛(wèi)生研究院國家心肺血液研究所血液學(xué)部的研究人員在《自然通訊》雜志上發(fā)表了題為“單細(xì)胞RNA測序與大顆粒淋巴細(xì)胞白血病T細(xì)胞的TCR分析”的文章。作者將單細(xì)胞 TCR 測序 (scTCR SEQ) 結(jié)合 scrna SEQ 應(yīng)用于從 t-lgll 患者獲得的 CD3 + T 細(xì)胞，以確定 T-LGLL 的免疫治療機(jī)制。

T-LGLL 患者的 AT 細(xì)胞景觀。

圖：T-LGLL 患者的 AT 細(xì)胞景觀

這些研究人員使用單細(xì)胞分辨率的耦合 T 細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組和 TCR-seq 分析來表征在 2 期臨床研究中接受單克隆抗體藥物治療的 T-LGLL 患者的 T 細(xì)胞克隆擴(kuò)增和基因表達(dá)。的單細(xì)胞 TCR 和 RNA 測序 + 來自 13 名患者在單克隆抗體藥物治療前后取樣研究結(jié)果證實(shí)了 T 細(xì)胞的克隆擴(kuò)增，T-LGLL 中缺乏常見的 TCR 克隆型，以及來自單個細(xì)胞的配對 α 和 β 鏈信息。此外，我們發(fā)現(xiàn) T-LGLL 細(xì)胞的特征在于細(xì)胞存活和凋亡基因程序的失調(diào)，以及 CD8 + 克隆中凋亡基因的顯著下調(diào)。單克隆抗體藥物治療后凋亡基因上調(diào)，特別是在應(yīng)答者中而不是在無應(yīng)答者中，因此凋亡基因的基線表達(dá)水平可預(yù)測血液學(xué)反應(yīng)。總之，從單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中得出的推論有助于理解 T-LGLL 克隆擴(kuò)增和持續(xù)存在的病理生理機(jī)制。

參考

Gao S, et al. Single-cell RNA sequencing coupled to TCR profiling of large granular lymphocyte leukemia T cells. Nat Commun. 2022,13(1):1982.

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