BLAST是生命科學(xué)研究中常用的一套在蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)或核酸數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行序列相似性比對(duì)的一套分析工具。英文全稱(chēng)是Basic?Local?Alignment?Search?Tool。NCBI作為生命科學(xué)研究領(lǐng)域使用最為廣泛的數(shù)據(jù)庫(kù)之一，深受廣大科研工作者青睞。輝駿生物給大家簡(jiǎn)單介紹一下NCBI上的blast比對(duì)。

NCBI上的blast分為四種：Nucleotide BLAST：核酸比核酸；blastx：核酸比蛋白；blastn：蛋白比核酸；Protein BLAST：蛋白比蛋白。

在這里小編以Nucleotide BLAST的操作為例，演示一下如何進(jìn)行序列比對(duì)。點(diǎn)擊上圖中“Nucleotide BLAST”，打開(kāi)比對(duì)界面，粘貼或者上傳需要比對(duì)的序列，選擇數(shù)據(jù)庫(kù)、填入物種，調(diào)整各個(gè)參數(shù)（一般默認(rèn)即可），點(diǎn)擊BLAST進(jìn)行比對(duì)。需要注意的是，在參數(shù)調(diào)整時(shí)，E值是最重要的參數(shù)，可以根據(jù)情況進(jìn)行適當(dāng)?shù)恼{(diào)整。

比對(duì)之后，就可以查看比對(duì)結(jié)果了。這里小編以小鼠為例，為大家簡(jiǎn)單介紹一下比對(duì)結(jié)果。提交BLAST比對(duì)之后，稍等片刻（時(shí)間可長(zhǎng)可短，與提交的序列有關(guān)），即可得到如下的比對(duì)結(jié)果頁(yè)面。

在查看比對(duì)結(jié)果時(shí)，E值以及Score值最重要，E值越小、Score值越大，則比對(duì)結(jié)果越可靠。

在Graphic summary界面下，每一條線(xiàn)段代表一個(gè)比對(duì)結(jié)果，鼠標(biāo)點(diǎn)擊會(huì)有相應(yīng)的比對(duì)信息。

在Alignments界面下，有每一個(gè)比對(duì)結(jié)果的多序列比對(duì)結(jié)果展示。點(diǎn)擊“Download”可以下載比對(duì)結(jié)果，也可以點(diǎn)擊“gene bank”了解比對(duì)結(jié)果的詳細(xì)信息。

Taxonomy界面主要告訴我們所比對(duì)的序列在分類(lèi)學(xué)上是什么物種。

到這里，比對(duì)結(jié)果就展示完了。但是，如果您還不理解某些參數(shù)的具體含義，也不要緊。NCBI也有對(duì)BLAST的官方說(shuō)明，具體可以參考“BLAST topics”，網(wǎng)址如下：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=BlastHelp#expect

總的來(lái)說(shuō)，技巧雖小，但操作不易，每一步都有各種參數(shù)需要調(diào)整。在實(shí)際分析中要學(xué)會(huì)因地制宜、因時(shí)制宜，根據(jù)不同的情況選擇不同的參數(shù)，這樣才能得到最好的結(jié)果。每一個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)或者軟件都有說(shuō)明文檔，在不知道如何操作時(shí)，要懂得尋求幫助，要有不怕出錯(cuò)的耐心和毅力。

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