當條帶所示的實際大小同理論有偏差時，可能由以下一些原因導致：蛋白發(fā)生如磷酸化、糖基化等翻譯后修飾時條帶會上移，蛋白發(fā)生剪切（如前體）時條帶會下移，蛋白存在不同的可變剪切體或亞型，強相互作用大分子存在時變性不徹底。
此外，WB實驗中使用的預染蛋白marker由于攜帶染料程度不穩(wěn)定的原因，也可能導致表觀分子量與理論預期出現偏差。