兩者都可用于差異較大的樣本（不同物種、不同組織部位），“有無”蛋白比較，不需要同位素標(biāo)記，成本相對低；樣本不受限制，應(yīng)用范圍廣。
label free確定是數(shù)據(jù)重復(fù)性稍差，缺失值較多。DIA非標(biāo)定量蛋白質(zhì)組學(xué)的重現(xiàn)性較高，所有離子信息都能采集，缺點是需要預(yù)先建立數(shù)據(jù)庫，數(shù)據(jù)分析較LFQ復(fù)雜。