通過精準醫(yī)學確定適當的治療方法需要從組織樣本或液體活檢（如血漿/血清、痰、唾液、尿液和腦脊液）中檢查關鍵的新型生物標志物，以進行早期疾病診斷和預后。 非編碼 RNA（例如 microRNA (miRNA) 和 長鏈非編碼 RNA (lncRNA) 、 DNA 甲基化 和翻譯后組蛋白修飾）的分析是已用于癌癥診斷、預后和監(jiān)測反應的表觀遺傳變量。

長鏈非編碼 RNA (lncRNA) 是一組轉錄物，由至少 200 個來自蛋白質編碼位點或基因間區(qū)域的非蛋白質編碼核苷酸序列組成。它們以前被歸類為“轉錄垃圾”。然而，證據表明它們在調節(jié)功能中的作用，它們的失調可能意味著人類癌癥即將發(fā)生和發(fā)展。研究表明，它們積極參與介導干細胞功能，因此增加了基因調控的復雜性。   雖然它們在正常干細胞中的重要性已得到證實，但很少有人關注它們在癌癥干細胞調節(jié)中的作用。  組織穩(wěn)態(tài)依賴于成體干細胞活性的范圍。 lncRNAs在干細胞中的作用主要是維持；  然而，它們在干細胞更新和分化中的作用（已經在 microRNA 中建立）還有待詳細研究。

圖 1. 與肺癌相關的 lncRNA 候選篩選

LncRNA 的保守性較差。  與 rRNA 和 tRNA 一樣，lncRNA 通過形成二級結構來運作。  與蛋白質不同，lncRNA 轉錄本中的 SNP 和移碼突變不太可能對 lncRNA 基因產生負面影響，因為只需要轉錄本的一小部分即可形成 3D 結構以實現正常功能。  與蛋白質編碼區(qū)相比，補償性突變在保留 lncRNA 二級結構方面相對更常見。

在癌癥干細胞中，lncRNA目前被發(fā)現參與增殖、遷移、代謝、衰老、自噬、侵襲、凋亡、分化和多能性。  如表中所示，它們形成關聯，創(chuàng)造相關蛋白質、mRNA 和 microRNA 的調節(jié)功能。

lncRNA 轉錄本列表及其各自的分子關聯和效應（Mauger，2019）

在某些情況下，lncRNA 轉錄本可以根據某些分子相互作用促進或抑制轉移和腫瘤生長。例如，在肝癌干細胞中下調的 lnc-DILC 或 lncRNA 作為腫瘤抑制因子，通過 IL-6 轉錄失活抑制 IL-6/STAT3 信號傳導，從而抑制肝癌和結直腸癌的腫瘤生長和轉移。  相反，lncDILC 也可以在膽囊癌中上調，通過 Wnt/β-catenin 通路激活促進膽囊癌細胞的轉移和腫瘤起始。

LncRNA 雜交方法和蛋白質/RNA 免疫沉淀是為鑒定 lncRNA-蛋白質相互作用而開發(fā)的兩種方法。  具體來說，它們是 ChIRP、CHART、RAP、CLIP、HITS-CLIP 和 PAR-CLIP。  此外，新的 lncRNA 生物標志物的鑒定是通過微陣列和 RNA-seq 進行的。RT-qPCR 和數字 PCR 可以分析有限的一組探測 lncRNA 并量化低豐度 lncRNA。

參考文獻：

1. Mauger F, Deleuze JF. Technological advances in studying epigenetics biomarkers of prognostic potential for clinical research. InPrognostic Epigenetics. 2019.

2. Ding L, Wang M, Sun D, et al. TPGLDA: Novel prediction of associations between lncRNAs and diseases via lncRNA-disease-gene tripartite graph. Scientific reports. 2018, 8(1):1-1.

3. Yang T, Shi Y, Yildirim E. Implications of Long Noncoding RNAs in Cancer Epigenetics. InCancer and Noncoding RNAs. 2018.

4. Zhang H, Wei P, Lv W, et al. Long noncoding RNA lnc-DILC stabilizes PTEN and suppresses clear cell renal cell carcinoma progression. Cell & bioscience. 2019, 9(1):81.

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