識別腫瘤特異性抗原對于開發(fā)和實(shí)施個(gè)性化癌癥免疫療法至關(guān)重要。這些療法可以利用新抗原或“新抗原”來開發(fā)疫苗，以觸發(fā)腫瘤特異性T細(xì)胞反應(yīng)和腫瘤細(xì)胞殺傷?；蛘?，新抗原肽可用于過繼細(xì)胞療法離體從腫瘤浸潤物或外周血中富集特定的T細(xì)胞群，隨后再輸注到患者體內(nèi)。

與其他細(xì)胞衍生和加工的肽一樣，新抗原肽通過主要組織相容性復(fù)合體(MHC，也稱為HLA)蛋白呈遞在細(xì)胞表面，供CD8或CD4 T細(xì)胞識別。新抗原肽是腫瘤特異性抗原，由于與致癌過程相關(guān)的基因組不穩(wěn)定性而產(chǎn)生，并可能顯示與點(diǎn)突變、短indels或基因融合事件一致的序列變化。

新抗原發(fā)現(xiàn)工作流程中的一個(gè)限制是新抗原肽的鑒定依賴于全外顯子組測序。因此，通過遵循這一策略，研究者主要關(guān)注編碼區(qū)內(nèi)發(fā)現(xiàn)的突變。最近，來自非編碼序列的肽已經(jīng)在MHC免疫肽組。這些肽來自非典型翻譯和轉(zhuǎn)錄事件，并為新抗原發(fā)現(xiàn)提供了新的機(jī)會。

識別非典型腫瘤新抗原的新策略

在最近的一項(xiàng)研究中麻省理工學(xué)院和哈佛大學(xué)的布羅德研究所核糖體圖譜或Ribo-seq能夠識別非典型HLA結(jié)合肽。在Ribo-seq中，被核糖體保護(hù)的mRNA序列被捕獲并深度測序；因此，這種方法允許鑒定正在進(jìn)行翻譯的序列。

研究人員使用Ribo-seq揭示了在各種腫瘤(包括黑色素瘤、慢性淋巴細(xì)胞白血病和膠質(zhì)母細(xì)胞瘤)中表達(dá)的“新的未注釋開放閱讀框”(nuORFs)衍生肽。

在最近基于新抗原的治療峰會Tamara Ouspenskaia博士分享了她鑒定數(shù)千種nuORFs衍生肽的發(fā)現(xiàn)。通過結(jié)合Ribo-seq和MHC I免疫肽組質(zhì)譜分析，鄔斯賓斯卡亞博士發(fā)現(xiàn)來自翻譯的nuORFs的肽形成了癌癥MHC I免疫肽組的一部分。一些已鑒定的nuORFs來源于注釋的orf的5’和3’序列。

對于這種方法，Ouspenskaia博士首先對正常和癌變的原始樣品和細(xì)胞系進(jìn)行了Ribo-seq分析，使她能夠建立一個(gè)預(yù)測翻譯nuORFs的數(shù)據(jù)庫。最終，這個(gè)數(shù)據(jù)庫，結(jié)合MHC I免疫肽組質(zhì)譜分析，使她能夠識別正常細(xì)胞和癌細(xì)胞呈遞的翻譯的nuORFs。

通過這種方法發(fā)現(xiàn)，在各種癌癥樣本中，nuORFs衍生的肽約占MHC I免疫肽組的1.5-2.2%。有趣的是，大約50%的翻譯nuORFs在多個(gè)患者來源的癌細(xì)胞系中被檢測到，這加強(qiáng)了它們代表特定肽產(chǎn)物的想法。此外，nuORFs被鑒定為攜帶黑色素瘤特異性突變或在黑色素瘤中優(yōu)先表達(dá)或過表達(dá)?？偟膩碚f，這些發(fā)現(xiàn)為研究者拓寬具有癌癥免疫治療潛力的新抗原庫提供了新的途徑。

科研產(chǎn)品

? 哺乳動物細(xì)胞表達(dá)載體

? 人cDNA克隆庫

? 慢病毒表達(dá)載體

? 慢病毒干擾載體

抗體工程服務(wù)

? 單克隆抗體測序

? 抗體從頭測序

? 抗體表達(dá)服務(wù)

? 重組抗體表達(dá)

實(shí)驗(yàn)試劑盒

? RNA pull down 試劑盒

? GST pull down 試劑盒

? COIP 試劑盒

? Flag 試劑盒